- Поставщик генетических ресурсов или их потенциальный пользователь обращается в НКЦГР любым удобным способом (телефон, электронная почта, лично) и предоставляет информацию на русском или английском языке в соответствии с формой заявки.
- НКЦГР обращается в КНО (Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды) за предварительным обоснованным согласием (ПОС). Минприроды анализирует представленную информацию и принимает решение о выдаче или отказе в выдаче ПОС.
- При получении ПОС НКЦГР проверяет наличие взаимосогласованных условий (ВСУ) между поставщиком и пользователем генетических ресурсов в договоре (соглашении) о сотрудничестве и их соответствие требованиям Нагойского протокола. 
ВСУ должны включать: 
• условия совместного использования выгод, полученных от переданного генетического ресурса, в том числе в отношении прав интеллектуальной собственности;
• условия последующего использования третьей стороной (если оно будет иметь место);
• положение об изменении намерений.
- НКЦГР консультирует заявителя и оказывает помощь по приведению ВСУ в соответствие с требованиями Протокола, предоставляя при необходимости типовые положения, или подготовке дополнительного соглашения к договору (соглашению) о сотрудничестве.
- После подписания договора (соглашения о сотрудничестве) с согласованными ВСУ НКЦГР обращается в Минприроды за разрешением на доступ к генетическим ресурсам, которое является доказательством соблюдения требований Нагойского протокола.
- Информацию из разрешения на доступ к генетическим ресурсам, полученного от Минприроды, НКЦГР вносит в Механизм посредничества по регулированию доступа к генетическим ресурсам, на основании которой генерируется международно признанный сертификат о соответствии требованиям, подтверждающий законность передачи генетического ресурса.