Стороны Конвенции и протоколов к ней обязаны выплачивать начисленные им годовые взносы, размер которых устанавливается на основе шкалы взносов Организации Объединенных Наций.  Взнос не является фиксированной суммой; его размер зависит от начисленной стране ставке взноса, даты оформления ее участия и суммы бюджета. Бюджет утверждается на каждой КС.

В соответствии со статьей 26 Нагойского протокола финансовые правила Конвенции применяются, в соответствующих случаях, к Протоколу. В соответствии с финансовыми правилами Конвенции каждая Сторона Конвенции должна вносить ежегодный взнос для покрытия расходов на административное обеспечение Конвенции, включая функции Секретариата. Шкала для исчисления объема взносов, которые должны выплачиваться каждой Стороной, основана на шкале взносов Организации Объединенных Наций для распределения расходов Организации. Взносы Сторон, являющихся развивающимися странами, в частности наименее развитыми странами, относительно невелики и обычно номинальны. Что касается Сторон, являющихся наименее развитыми странами, то, по сути, они, как правило, должны платить не более 0,01 процента от общего бюджета, утвержденного для какого-либо бюджетного года.

 Следует заметить, что в соответствии со статьей 28 Протокола Секретариат Конвенции выступает в качестве Секретариата Протокола. Расходы на услуги, оказываемые Секретариатом Протоколу, в той мере, в какой они отличны от расходов по Конвенции, покрываются Сторонами Протокола.

Каковы преимущества оформления участия в Протоколе?

Оформление участие в Протоколе обеспечивает ряд преимуществ, в частности:

• влияние на осуществление Протокола и определение путей его дальнейшей разработки посредством участия в процессе принятия решений Конференции Сторон, выступающей в качестве совещания Сторон Протокола;
• Стороны, являющиеся развивающимися странами, и Стороны, являющиеся странами с переходной экономикой, имеют право на финансовую поддержку по линии Глобального экологического фонда (механизма финансирования Протокола) на цели создания потенциала, а также на другую поддержку для осуществления Протокола и участия в его процессах (см. решение VII/20 КС)
• более высокий уровень информированности о системах регулирования ДГРСИВ и их авторитетности национальных среди мирового сообщества;
• внесение вклада в разработку согласованных правил, процедур и практических методов;
• содействие со стороны механизмов и возможности для правительств для сотрудничества с другими правительствами, частным сектором и гражданским обществом;
• улучшенный доступ к соответствующим технологиям и данным, получение выгод от регулярного обмена информацией и экспертными знаниями; и
• демонстрация приверженности делу обеспечения доступа к генетическим ресурсам и совместного использования выгод, сохранения и устойчивого использования биологического разнообразия.