Les Parties à la Convention et aux Protocoles sont tenues de payer des contributions annuelles, qui sont basées sur le barème des quotes-parts des Nations Unies.   La contribution n'est pas un montant fixe, elle dépend du barème des contributions du pays, de la date à laquelle il devient partie et du montant du budget. Le budget est approuvé à chaque COP.

En accord avec  l'article 26  du Protocole, les règles financières de la Convention s'appliquent, comme il convient, au Protocole. En vertu des règles financières de la Convention, chaque Partie à la Convention est tenue d'effectuer une contribution annuelle pour couvrir les coûts de l'administration de la Convention, dont les fonctions du Secrétariat. L'échelle pour l'évaluation des niveaux de contributions que chaque Partie doit payer est fondée sur l'échelle des Nations Unies pour l'évaluation de la répartition des dépenses de l'Organisation. Les contributions en provenance des Parties qui sont des pays en développement, en particulier les pays les moins avancés, sont relativement faibles et généralement symboliques. En fait, en ce qui concerne les Parties qui sont des pays les moins avancés, la règle dit qu'ils ne sont pas tenus de payer plus de 0,01 % du budget total approuvé pour tout budget annuel.

 Notons que, d'après   l'article 28  du Protocole, le Secrétariat de la Convention exerce également la fonction de Secrétariat au Protocole. Les coûts des services de Secrétariat du Protocole, dans la mesure où ils sont distincts de ceux de la Convention, seront pris en charge par les Parties au Protocole.

Quels sont les avantages de devenir une Partie au Protocole?

Le fait de devenir une Partie au Protocole présente un certain nombre d'avantages, comme les suivants:

• Influence sur la mise en oeuvre du Protocole et l'orientation de son évolution future par le biais de la participation dans les processus de prise de décision de la Conférence des Parties siégeant en tant que réunion des Parties au Protocole;
• Pour les Parties qui sont des pays en développement ou des pays dont les économies sont en transition, éligibilité pour un soutien financier de la part du Fonds pour l'environnement mondial (le mécanisme financier pour le Protocole) pour le renforcement des capacités ainsi que d'autres aides pour la mise en oeuvre du Protocole et la participation dans ses processus; (voir la  décision de la COP VII/20.
• Amélioration de la visibilité et de la crédibilité des systèmes nationaux pour la réglementation de la prévention des risques biotechnologiques aux yeux de la communauté internationale;
• Contribution à des règles, procédures et pratiques harmonisées ;
• Facilitation des mécanismes et des opportunités permettant aux gouvernements de collaborer avec d'autres gouvernements, avec le secteur privé et la société civile ;
• Meilleur accès à des technologies et données utiles et aux avantages découlant de l'échange régulier d'information et d'expertise; et
• Démonstration d'un engagement en faveur de l'accès et du partage des avantages, de la conservation et de l'utilisation durable de la diversité biologique