على الأطراف في اتفاقية التنوع البيولوجي وبروتوكوليها دفع الاشتراكات السنوية المقررة، التي تستند إلى جدول الأنصبة المقررة للأمم المتحدة.  ولا تعتبر الرسوم مبلغًا ثابتًا، بل تعتمد على جدول الأنصبة المقررة للبلد، وتاريخ انضمامه، ومبلغ الميزانية. وتُعتَمدُ الميزانية في كل مؤتمر للأطراف.

وفقًا  المادة 26 من بروتوكول ناغويا، تنطبق القواعد المالية للاتفاقية، حسب الاقتضاء، على البروتوكول. وبموجب القواعد المالية للاتفاقية، تطالب كل دولة طرف في الاتفاقية بمساهمة سنوية لتغطية تكاليف إدارة الاتفاقية بما في ذلك وظائف الأمانة العامة. ويعتمد حجم تحديد مستويات المساهمة المالية التي تدفعها كل دولة على جدول الأنصبة المعتمد في الأمم المتحدة تقسيم نفقات المنظمة. وعادة ما تكون مخصصات الأطراف من الدول النامية، لا سيما الدول الأقل تقدمًا، صغيرة نسبيا وعادة ما تكون شكلية أو اسمية. وفي الحقيقة لا تطالب الأطراف من الدول الأقل تقدما، كقاعدة، بسداد أكثر من 0.01 في المائة من إجمالي الميزانية المعتمدة كل عام.

 وتجدر الإشارة إلى أنه وفقًا  للمادة 28 من البروتوكول، تقوم أمانة الاتفاقية أيضًا بدور أمانة البروتوكول. ينبغي أن توفر الدول الأطراف في البروتوكول تكاليف خدمات الأمانة للبروتوكول إلى الحد الذي يجعلها متميزة عن خدمات الاتفاقية.

ما مزايا الانضمام إلى البروتوكول؟

يوفر الانضمام الرسمي لبروتوكول السلامة الأحيائية العديد من المزايا، منها:

• التأثير على تطبيق البروتوكول وتشكيل مسيرة التطور المستقبلي من خلال المشاركة في عمليات صنع القرار في مؤتمر الأطراف الذي يمثل اجتماع الأطراف في البروتوكول؛
• تأهل الأطراف من الدول النامية والدول التي يمر اقتصادها بمرحلة انتقالية للحصول على الدعم المالي من مرفق البيئة العالمية (الآلية المالية للبروتوكول) من أجل بناء القدرات بالإضافة إلى أوجه الدعم الأخرى لتنفيذ البروتوكول والمشاركة في عملياته؛ (انظر  القرار COP VII/20)
• تعزيز التوعية والمصداقية لدى النظم الوطنية للحصول على الموارد وتقاسم المنافع في المجتمع العالمي؛
• المساهمة في التنسيق بين القواعد والإجراءات والممارسات؛
• تسهيل آليات وفرص تعاون الحكومات مع الحكومات الأخرى والقطاع الخاص والمجتمع المدني في مجال تعزيز السلامة الأحيائية؛
• تحسين الوصول للتقنيات والبيانات الملائمة والاستفادة من التبادل المنتظم للمعلومات والخبرات؛
• إثبات الالتزام بالحصول على الموارد وتقاسم المنافع، وصون التنوع البيولوجي واستدامة استخدامه.