Le Ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires (MTECT) est l'autorité nationale compétente (ANC) chargée de l'application du dispositif APA issu de la loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages (Titre V). Ce dispositif s'applique en France métropolitaine ainsi que dans certains territoires d'Outre-mer.

Du fait de la répartition des compétences entre l'Etat et certaines collectivités d'Outre-mer, ce dispositif ne s'applique pas dans certains territoires ultramarins, comme en Polynésie française ou en Nouvelle-Calédonie, où des règles locales d'APA sont édictées, et mises en œuvre par des autorités compétentes locales.

Par ailleurs, en parallèle de ces missions d'ANC, le MTECT exerce également un rôle de checkpoint, en application des :
      - Règlement (UE) n°511/2014 du Parlement européen et du Conseil du 16 avril 2014 relatif aux mesures concernant le respect par les utilisateurs dans l’Union du protocole de Nagoya sur l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation (obligation de diligence nécessaire pour les utilisateurs).
      - Règlement d'exécution (UE) 2015/1866 de la Commission du 13 octobre 2015 portant modalités d'application du règlement (UE) n° 511/2014 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne le registre des collections, la surveillance du respect des règles par l'utilisateur et les bonnes pratiques.